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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
07/02/2019 |
Data da última atualização: |
19/12/2019 |
Autoria: |
HEBERLE, H.; MEIRELLES, G. V.; SILVA, F. R. da; TELLES, G. P.; MINGHIM, R. |
Afiliação: |
HENRY HEBERLE, ICMC/USP; GABRIELA VAZ MEIRELLES, Laboratório Nacional de Biociências, Campinas; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; GUILHERME P. TELLES, IC/Unicamp; ROSANE MINGHIM, ICMC/USP. |
Título: |
InteractiVenn: a web-based tool for theanalysis of sets through Venn diagrams. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Bioinformatics, v. 16, p. 1-7, 2015. |
DOI: |
10.1186/s12859-015-0611-3 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Article number: 169. |
Conteúdo: |
Abstract. Background: Set comparisons permeate a large number of data analysis workflows, in particular workflows in biological sciences. Venn diagrams are frequently employed for such analysis but current tools are limited. Results: We have developed InteractiVenn, a more flexible tool for interacting with Venn diagrams including up to six sets. It offers a clean interface for Venn diagram construction and enables analysis of set unions while preserving the shape of the diagram. Set unions are useful to reveal differences and similarities among sets and may be guided in our tool by a tree or by a list of set unions. The tool also allows obtaining subsets? elements, saving and loading sets for further analyses, and exporting the diagram in vector and image formats. InteractiVenn has been used to analyze two biological datasets, but it may serve set analysis in a broad range of domains. Conclusions: InteractiVenn allows set unions in Venn diagrams to be explored thoroughly, by consequence extending the ability to analyze combinations of sets with additional observations, yielded by novel interactions between joined sets. InteractiVenn is freely available online at: www.interactivenn.net. |
Palavras-Chave: |
Diagrama de Edwards-Venn; Diagrama de Venn; Edwards-Venn diagram; Interaction; Set-unions; Venn diagram. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/192316/1/AP-InteractiVenn-Felipe-2015.pdf
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Marc: |
LEADER 01970naa a2200265 a 4500 001 2105705 005 2019-12-19 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1186/s12859-015-0611-3$2DOI 100 1 $aHEBERLE, H. 245 $aInteractiVenn$ba web-based tool for theanalysis of sets through Venn diagrams.$h[electronic resource] 260 $c2015 500 $aArticle number: 169. 520 $aAbstract. Background: Set comparisons permeate a large number of data analysis workflows, in particular workflows in biological sciences. Venn diagrams are frequently employed for such analysis but current tools are limited. Results: We have developed InteractiVenn, a more flexible tool for interacting with Venn diagrams including up to six sets. It offers a clean interface for Venn diagram construction and enables analysis of set unions while preserving the shape of the diagram. Set unions are useful to reveal differences and similarities among sets and may be guided in our tool by a tree or by a list of set unions. The tool also allows obtaining subsets? elements, saving and loading sets for further analyses, and exporting the diagram in vector and image formats. InteractiVenn has been used to analyze two biological datasets, but it may serve set analysis in a broad range of domains. Conclusions: InteractiVenn allows set unions in Venn diagrams to be explored thoroughly, by consequence extending the ability to analyze combinations of sets with additional observations, yielded by novel interactions between joined sets. InteractiVenn is freely available online at: www.interactivenn.net. 653 $aDiagrama de Edwards-Venn 653 $aDiagrama de Venn 653 $aEdwards-Venn diagram 653 $aInteraction 653 $aSet-unions 653 $aVenn diagram 700 1 $aMEIRELLES, G. V. 700 1 $aSILVA, F. R. da 700 1 $aTELLES, G. P. 700 1 $aMINGHIM, R. 773 $tBMC Bioinformatics$gv. 16, p. 1-7, 2015.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 32 | |
21. | | GALVÃO, P. G.; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Geração e avaliação de um mutante nitB de Gluconacetobacter diazotrophicus. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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22. | | SOARES, C. DE P.; FERREIRA, J. DE P.; FRANÇA, P. V. L.; RODRIGUES, E. P.; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S. Iron limiting conditions affect nitrogenase activity, biofilm formation and siderophore production in gluconacetobacter diazotrophicus pal 5 strain. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçú: SBG, 2012. 67Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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23. | | RODRIGUES, E. P.; SOARES, C. de P.; OLIVEIRA, A. L. M.; VIDAL, M. S.; SIMÕES ARAÚJO, J. L.; BALDANI, J. I. Isolamento e caracterização de mutantes de Gluconacetobacter diazotrophicus deficientes na produção de auxinas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 24.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBACTÉRIAS, 12.; SIMPÓSIO DE COLEÇÕES DE CULTURA, 2.; ENCONTRO DE ENSINO EM MICROBIOLOGIA, 4., 2007, Brasília, DF. Anais. {São Paulo}: SBM, 2007. 1 p. 1 CD-ROM. Parceria: UFRJ, UFRRJ, UEL.Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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24. | | RODRIGUES, E. P.; SOARES, C. de P.; OLIVEIRA, A. L. M. de; SIMÕES-ARAÚJO, J. L.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Knockout of a L-amino acid oxidase flavin gene of Gluconacetobacter diazotrophicus affected the production of auxin. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON NITROGEN FIXATION WITH NON-LEGUMES, 11th., 2008, Gent, Belgium. Abstracts... Belgium: Universiteit Gent, 2008. p. 7. Resumo PS1-3. Parceria: UFRRJ; Universidade Estadual de Londrina.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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25. | | FERREIRA, E. G. C.; GOMES, D. F.; DELAI, C. V.; BARREIROS, M. A. B.; GRANGE, L.; RODRIGUES, E. P.; MERTZ-HENNING, L. M.; BARCELLOS, F. G.; HUNGRIA, M. Revealing potential functions of hypothetical proteins induced by genistein in the symbiosis island of Bradyrhizobium japonicum commercial strain SEMIA 5079 (= CPAC 15). BMC Microbiology, v. 22, 122, 2022. 20 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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26. | | SOARES, C. de P.; RODRIGUES, E. P.; FERREIRA, J. P.; ARAUJO, J. L. S. de; ROUWS, L. F. M.; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S. Tn5 insertion in the tonB gene promoter affects iron-related phenotypes and increases extracellular siderophore levels in Gluconacetobacter diazotrophicus Archives of Microbiology Online, 17 oct. 2014. 11 p. A versão impressa foi publicada no v. 197, p. 223-233, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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27. | | SOARES, C. P.; MENESES, C. H. S. G; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. TonB mutant of Gluconacetobacter Diazotrophicus PAL5 is defective in biofilm formation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV.23Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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28. | | SIQUEIRA, A. F.; ORMEÑO-ORRILLO, E.; SOUZA, R. C.; RODRIGUES, E. P.; ALMEIDA, L. G. P.; BARCELLOS, F. G.; BATISTA, J. S. S.; NAKATANI, A. S.; MARTÍNEZ-ROMERO, E.; VASCONCELOS, A. T. R.; HUNGRIA, M. Comparative genomics of Bradyrhizobium japonicum CPAC 15 and Bradyrhizobium diazoefficiens CPAC 7: elite model strains for understanding symbiotic performance with soybean. BMC Genomics, v. 15, n. 420, June 2014. 20 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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29. | | SOARES, C. de P.; GALVÃO, P. G.; MENESES, C. H. G.; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Mutação na região regulatória do grupo gênico tonB-exBD1D2 afeta a formação de biofilme em Gluconacetobacter diazotrophicus. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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30. | | RODRIGUES, E. P.; SOARES, C. de P.; GALVÃO, P. G.; IMADA, E. L.; ARAUJO, J. L. S. de; ROUWS, L. F. M.; OLIVEIRA, A. M. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Identification of genes involved in indole-3-acetic acid biosynthesis by Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5 strain using transposon mutagenesis Frontiers in Microbiology, 7 oct., 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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31. | | HUNGRIA, M.; MENNA, P.; CHUEIRE, L. M. de O.; MENDES, I. de C.; BANGEL, E. V.; BARCELLOS, F. G.; BATISTA, J. S. S.; RIBEIRO, R. A.; BINDE, D. R.; REIS JUNIOR, F. B. dos; OLIVEIRA, L. R.; RODRIGUES, E. P.; MARCELINO, F. C.; CAMPO, R. Diversity and ecology of rhizobial strains used in commercial inoculants in Brazil. In: INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION, 1., 2009, Curitiba. Program and index... Curitiba: INCT, 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Soja. |
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32. | | ORMEÑO-ORRILLO, E.; MENNA, P.; ALMEIDA, L. G. P.; JAVIER OLLERO, F.; NICOLÁS, M. F.; RODRIGUES, E. P.; NAKATANI, A. S.; BATISTA, J. S. S.; CHUEIRE, L. M. de O.; SOUZA, R. C.; VASCONCELOS, A. T. R.; MEGÍAS, M.; HUNGRIA, M.; MARTÍNEZ-ROMERO, E. Genomic basis of broad host range and environmental adaptability of Rhizobium tropici CIAT 899 and Rhizobium sp. PRF 81 which are used in inoculants for common bean (Phaseolus vulgaris L.). BMC Genomics, v. 13, n. 735, 2012. 26 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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